新款 USB-C Magic Keyboard、Mouse 周边必须配合 macOS Sequoia 15.1 使用
新款 USB-C Magic Keyboard 及 Magic Mouse 虽然 Apple 表示支援多年前的装置，但使用者必须将系统更新至 macOS Sequoia 15.1 才能正常使用。Apple 列出 2018 年起的 Mac 均可支援，但未有提及系统要求。
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功能受限
在 macOS Sequoia 15 或更旧版本，新款 Magic Keyboard 的 Touch ID 及功能键将无法运作。Magic Trackpad 暂未有问题回报，但 Magic Mouse 则无法使用卷动功能。
相容性问题
所有列出的 Mac 型号均支援 macOS Sequoia，当中包括 2018 年 Mac mini 及 2019 年 iMac 等 Intel 型号，但这些机种未能完整支援 macOS Sequoia。据《MacRumors》指出，这些周边在 macOS Sequoia 15.2 测试版亦出现问题，相信 Apple 会在正式版修正。
无线连接疑问
新款周边唯一改动是由 Lightning 改为 USB-C，无线连接问题的成因未明。目前在 iPad 使用方面暂未有问题回报，支援机种包括 iPad Air 2 在内的多款 iPad。